最近跟几个老朋友喝茶，他们都是上海这边中小企业的老板，聊着聊着就聊到公司注销的话题。有个做贸易的张总叹了口气：哎，刚把公司注销搞定，结果因为一笔没履行完的合同，税务局又找上门来了，补了税不算，还交了一笔滞纳金，折腾了两个月！这话一出，另外几个老板也跟着点头，说自家公司注销时也遇到过类似的坑。说实话，做了20年财税，我太懂这种以为万事大吉，突然杀回马枪的憋屈了。很多老板以为公司注销就是去工商局备案、登报，把营业执照交上去就行，却忽略了合同税务处理这个隐形——尤其是上海这种经济活跃、合同往来频繁的城市，稍有不慎，就可能让注销过程变成一场持久战。今天我就以过来人的身份，跟大家好好聊聊上海公司主体注销时，那些合同税务问题到底该怎么处理，希望能帮大家少走弯路。<

>

未履行合同的税务处理：钱收了/货没发，税到底要不要缴？

先说个最常见的坑：公司注销前，手里还有一堆没履行完的合同。比如销售合同，客户已经付了定金，但货还没发出去；或者服务合同，服务刚开始一半，公司就要注销了。这种情况下，增值税和企业所得税到底怎么算？很多老板觉得东西没给/服务没完，凭什么缴税？但税务局可不这么看。

我记得去年有个客户，是做软件开发的上海科技公司，老板李总打算注销公司，清算时发现有个去年签的定制软件合同，客户付了30%的定金（20万），但软件还没开发完成，合同里也没约定若公司注销，定金是否退还。李总当时觉得，这钱没提供服务，应该不用缴税吧？结果税务清算时，税务局直接指出：根据《增值税暂行条例实施细则》第三十八条，采取预收货款方式销售货物，为货物发出的当天；但生产销售生产工期超过12个月的大型机械设备、船舶、飞机等货物，为收到预收款或者书面合同约定的收款日期的虽然软件不属于这类货物，但服务的增值税纳税义务发生时间，是收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天，先开具发票的为开具发票的当天。他们收了定金，且合同约定了服务内容，属于取得索取销售款项凭据，增值税纳税义务已经发生，需要确认收入缴税。企业所得税方面，根据《企业所得税法实施条例》第九条，企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用。所以这20万定金，不仅要缴增值税，还要并入应纳税所得额缴企业所得税，最后补税加滞纳金，多花了近5万。

那遇到这种情况，就没辙了吗？也不是。如果合同明确约定因公司原因导致合同无法履行，定金全额退还，且实际也退还了客户，那这笔钱就不属于收入，不用缴税。但如果没约定，或者客户不配合退款，那税务局大概率会要求确认收入。所以我的建议是：打算注销的公司，赶紧把所有未履行合同梳理一遍，能退款的先退，能协商变更合同条款的（比如把合同主体变更为关联公司，或者转让给第三方）尽量协商，实在不行，该缴的税一分不能少，否则注销时卡在税务环节，更麻烦。

违约金、赔偿金的税务处理：谁开票？怎么缴？

除了未履行合同，提前终止合同产生的违约金、赔偿金，也是税务处理的重灾区。比如公司注销前，提前解除办公室租赁合同，要付给房东违约金；或者和供应商合作中途终止，需要赔偿对方损失。这时候，两个问题必须搞清楚：这笔钱要不要缴税？对方要不要开发票？

先说缴税问题。违约金、赔偿金属于价外费用，根据《增值税暂行条例》第六条，销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用。所以如果公司是支付违约金的一方，这笔钱属于与销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产有关的价外费用，如果对方是公司，对方需要就这笔违约金缴增值税；如果对方是个体户或个人，对方可能需要缴增值税（如果达到起征点）。而公司作为支付方，取得了合规发票，这笔支出才能在企业所得税前扣除——《企业所得税税前扣除凭证管理办法》第八条明确，企业发生支出，应取得税前扣除凭证，作为计算企业所得税应纳税所得额扣除依据。

举个我之前遇到的案例：上海有个商贸公司王总，注销时提前终止了和一家物流公司的运输合同，合同约定提前终止需支付8万违约金。物流公司是个体户，不愿意开发票，说开发票要缴税，你们自己想办法。王总财务当时觉得，有合同和付款凭证就行，没发票也能税前扣除。结果税务清算时，税务局说：对方是个体户，属于其他个人，如果对方在税务局代开发票，需要缴纳增值税（小规模纳税人3%，月销售额10万以下免征）和个人所得税（劳务报酬所得），但如果对方不配合代开，公司就无法取得合规税前扣除凭证，这8万支出不能在企业所得税前扣除，需要调增应纳税所得额，补企业所得税2万。后来我们帮王总联系了税务局，沟通后由物流公司去税务局代开了增值税普通发票，才解决了问题。

那如果公司是收到违约金的一方呢？比如客户提前终止合同，付给你违约金，这笔钱要不要缴税？要的！增值税方面，属于价外费用，需要开具发票缴税；企业所得税方面，属于营业外收入，并入应纳税所得额缴税。记得有个做服装加工的陈总，公司注销时，有个客户提前终止订单，付了5万违约金，陈总觉得这是对方违约赔的，不是我的经营收入，就没申报。结果被税务局查到，不仅补了增值税（5万/1.011%=4950元），还补了企业所得税（5万25%=12500元），外加滞纳金，得不偿失。

税务清算中的合同涉税风险：别让历史遗留问题拖后腿

除了具体的合同条款，税务清算时，税务局还会重点排查历史遗留问题，比如合同中的定价是否公允、有没有关联交易未申报、发票是否合规等。这些问题平时可能不明显，但注销时都会被放大。

比如关联交易。很多上海公司为了避税，会和关联公司签订低价采购、高价销售的合同，转移利润。但注销时，税务局会进行特别纳税调整，重新核定应纳税所得额。我之前有个客户，是做电子设备销售的，他们和关联的深圳公司签订采购合同，价格比市场价低30%，然后正常销售。注销时，税务局通过比照同行业毛利率，认定这属于不合理安排，调增了应纳税所得额，补了30多万的企业所得税。如果公司有关联交易，注销前最好主动向税务局说明情况，提供同期资料，证明定价公允，否则被查了，补税加罚款，更不划算。

还有发票问题。很多企业早期经营时，为了节省成本，会收到一些不合规的发票（比如假发票、与实际业务不符的发票）。如果这些发票涉及合同支出，税务清算时会被要求调增应纳税所得额，补税。我见过最夸张的一个案例，上海一家建筑公司注销时，发现3年前有一笔200万的材料采购支出，用的是假发票，结果不仅补了企业所得税50万，还被罚款10万，法定代表人还被纳入了税务黑名单。打算注销的公司，最好先自查一遍近几年的合同和发票，不合规的该补的补，该换的换，别让小发票毁了大注销。

上海公司主体注销，合同税务处理三步走实操建议

说了这么多坑，到底该怎么处理呢？结合20年经验，我总结了个三步走实操步骤，大家照着做，能少走80%的弯路：

第一步：全面梳理合同，分类处理

注销前，把所有合同（包括销售合同、采购合同、租赁合同、服务合同等）都翻出来，按已履行完毕未履行提前终止三类分类。已履行的重点看发票是否合规；未履行的看是否能退款、转让，该缴税的提前申报；提前终止的，重点约定违约金条款，确保对方能开票。

第二步：沟通协商，争取最优解

对于未履行或提前终止的合同，赶紧和对方沟通。比如退款，最好让对方出具收款收据并注明合同终止退款；比如违约金，提前和对方说清楚需要开发票，避免对方事后不配合。如果是关联交易，主动和税务局沟通，提供资料证明定价公允。

第三步：提前申报，确保清税证明到手

所有合同税务问题处理完毕后，再向税务局申请税务注销。根据《国家税务总局关于简化纳税人注销税务登记事项的公告》，符合条件的企业（如未领发票、无欠税）可以即办制注销，当场拿《清税证明》。但如果合同税务问题没处理好，税务局可能会要求实地核查，甚至暂缓注销，拖个半年很正常。

说实话，做财税这行20年，我见过太多企业注销时因为合同税务处理不当，多花冤枉钱，甚至影响个人征信。其实这些问题，只要提前3-6个月规划，大部分都能避免。上海作为国际大都市，税务管理越来越规范，企业注销时，税务局不仅看账平了没，更看业务真实没、税务合规没。别抱有侥幸心理，该缴的税缴，该开的票开，该补的资料补，才能顺顺利利把公司注销干净，安心开始新的征程。

最后想提醒大家，财务凭证不完整是很多企业注销时的通病，尤其是早期创业公司，可能因为管理不规范，导致合同、发票、银行流水对不上，直接影响税务清算。而知识产权方面，如果公司有商标、专利等资产，注销前如果没有妥善处理，可能会被认定为无偿转让，涉及增值税和企业所得税问题。上海加喜财税公司（https://www.110414.com）在处理企业注销时，会先帮客户梳理财务凭证，补充缺失资料，同时对知识产权进行评估，制定合理的处置方案，确保企业注销不留税务隐患。专业的事交给专业的人，省心又省力！