做了20年财税，留抵税额在税务清算中的处理方法，这3点企业最容易栽跟头

要说财税工作中哪个话题让企业主又爱又恨，留抵税额绝对排得上号。爱的是它像未来的钱，真金白银的进项税额等着抵扣；恨的是一到税务清算，这笔钱就成了烫手山芋——处理好了能退钱，处理不好可能要多缴税，甚至被税局盯上。我见过太多企业注销时，因为留抵税额没处理好，要么多花几十万冤枉钱，要么清算流程卡了半年。今天就结合20年的从业经验，聊聊留抵税额在税务清算中的处理方法，全是干货，也藏着不少血泪教训。<

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先搞懂：留抵税额在税务清算中到底是个啥？

说白了，留抵税额就是企业当期销项税额小于进项税额，没抵完的那部分。正常经营时，这笔钱可以留着下个月继续抵，或者等以后赚钱了再抵。但企业一旦决定注销，税务清算启动，未来就不存在了——企业都没了，还拿什么抵扣？所以这时候，留抵税额必须清算掉。

这里有个关键点：很多人以为留抵税额=企业多缴的税，清算时肯定能退回来。大错特错！留抵税额本质上只是暂未抵扣的进项税，能不能退、怎么退，得看税务清算时的具体情况。我见过一个老板，清算时拍着胸脯说我账上还有100万留抵，退完税我还能赚一笔，结果清算完一分钱没退，还倒贴了20万——这就是没搞懂清算中留抵税额的性质。

税务清算中处理留抵税额的铁律：别踩这3个坑

处理清算中的留抵税额，核心就一句话：不是所有留抵都能退，也不是所有留抵都要交。具体怎么操作，得看三个铁律：

第一，清算基准日是分水岭，之前的留抵才能算

税务清算不是企业说注销就注销的，得先向税局申请，税局会确定一个清算基准日。这个日期之前的留抵税额，才是清算要处理的对象；之后的进项税额，因为企业已经进入清算程序，理论上不能再产生新的留抵了。我之前服务过一个制造业企业，老板觉得反正要注销了，最后再进点料抵扣税吧，结果在清算基准日后又开了100万的进项发票，税局直接认定非正常经营进项，不允许抵扣，这100万企业自己扛了，心疼得直跺脚。

第二，区分正常留抵和异常留抵，处理方式天差地别

正常留抵就是企业确实经营困难，销项不够抵扣；异常留抵就复杂了——比如企业长期零申报却有大量留抵，或者进项发票明显虚开（比如冲抵）。前者可能还能申请退税，后者直接被认定为偷税，不仅要补税，还要罚款。我印象很深的一个案例，商贸公司老板为了留点税额以后抵，让供应商虚开了200万的进项发票，结果清算时被税局大数据筛查出来，不仅200万留抵全追回，还罚了300万，老板直接进了局子。所以啊，留抵税额看着是资产，但来路不正的，就是包。

第三，清算期间进项转出别漏了，否则多缴税是必然

企业清算时，可能会处理库存商品、固定资产，这些资产的进项税额如果之前已经抵扣，现在销售或处置，需要做进项税额转出。很多企业会忽略这一步，导致留抵税额计算错误——本来可以退的钱，因为漏了转出，变成留抵不足，反而要补税。比如有个餐饮公司注销时，把厨房设备卖了10万，设备进项税额1.2万之前已经抵扣，结果没做转出，清算时留抵税额少了1.2万，最后多缴了1.2万的增值税，你说冤不冤？

实操步骤：手把手教你处理清算中的留抵税额

理论说多了也枯燥，直接上实操步骤，跟着做基本不会错：

第一步：确定清算基准日，梳理期初留抵

向税局提交注销申请后，税局会出具《税务清算通知书》，上面会明确清算基准日。拿到这个日期后，立刻去查增值税申报表，找到期末留抵税额——这就是你要处理的底数。注意，一定要是清算基准日当月的留抵，不是最近一期的，更不是老板拍脑袋说的大概有个几十万。

第二步：核查进项发票，排除异常票和非经营进项

把清算基准日之前的进项发票全拉出来，逐笔检查：有没有失控发票、异常凭证？有没有用于免税项目、集体福利的进项（这些需要转出）？清算基准日后取得的进项，一律做进项税额转出。我见过一个企业，因为没发现一张失控发票，导致10万留抵被税局全额否定，最后只能自己补税，这就是核查不彻底的代价。

第三步：计算可留抵金额，选择退税还是抵欠税

正常留抵税额，清算时有两个处理方式：要么申请退税，要么抵欠税（比如企业所得税、滞纳金）。怎么选？看企业有没有欠税。如果有欠税，抵欠税更划算——因为滞纳金日万分之五，比贷款利息高多了；如果没有欠税，就老老实实申请退税。这里有个细节：退税需要提交《增值税期末留抵退税申请表》，还要提供清算报告、财务报表这些资料，缺一不可。

第四步：提交资料，等税局审核，别催也别拖

资料交上去后，税局会审核，时间一般在30天左右。我见过有的企业老板心急，天天去税局催进度，结果反而被税局重点关注；也有的企业觉得反正交上去了，等通知吧，结果税局发现资料有问题要补正，又拖了半个月。其实最好的方式是：提交资料后，每周主动跟专管员沟通一次，问有没有需要补充的，既显得积极，又能及时解决问题。

真实案例：两个企业，两种结局，全在留抵税额处理上

案例一：制造业老王的公司，留抵退税80万，流程3个月搞定

老王做机械加工20年，近几年行业不景气，决定注销公司。清算基准日时，账面留抵税额85万。我帮他梳理时发现，其中有5万是用于职工食堂的进项（之前没转出），先做了进项税额转出，剩下80万正常留抵。公司没有欠税，我们就帮他准备退税资料：清算报告、增值税申报表、进项发票清单、银行账户信息……提交后，税局审核了25天，钱直接退到了公司账户。老王握着我的手说早知道找你咨询，我前年就想注销了，白白多等一年——你看，处理对了，省时又省力。

案例二：商贸公司小李，留抵50万，最后倒贴20万

小李做服装批发，因为资金链断裂注销。清算基准日留抵税额52万，但问题来了：他为了多抵扣，让供应商开了10万的办公用品发票，实际没收到货。税局在核查时发现了异常发票，要求进项税额转出，还认定他虚开发票，不仅要追回10万留抵，还罚了20万。小李后来跟我说：我以为留抵税额是我的钱，没想到还能出这种事——这就是典型的想当然，没把合规性放在第一位。

政策更新：2023年后留抵税额清算有啥新变化？

最近两年，留抵退税政策变化挺大，2023年财政部、税务总局43号公告明确：企业注销时，如果期末留抵税额大于零，可以申请退还。但这里有个但书——如果企业存在未结案的税务稽查案件、欠缴滞纳金等情况，留抵退税会被暂缓办理。我个人猜测，未来可能会进一步简化清算流程，比如一窗通办清算+退税，但企业自身的合规性要求只会越来越高——毕竟现在大数据监管下，想靠小聪明处理留抵税额，基本不可能。

最后一句大实话：留抵税额处理，别等注销了才着急

做了20年财税，我见过太多企业平时不烧香，临时抱佛脚——平时对留抵税额不管不问，等到要注销了才想起来好像还有笔钱可以退。其实留抵税额的处理，从企业决定经营时就应该关注：定期检查进项发票有没有异常，及时转出非经营进项，避免留抵水分过大。等到清算时，再专业的财税顾问，也只能亡羊补牢，不可能把所有问题都解决。

对了，说到企业注销，除了留抵税额，财务凭证不完整、知识产权处理也是大坑。我们加喜财税最近处理过一个案例，科技公司注销时，因为财务凭证缺失（比如采购合同没盖章、付款流水不清晰），导致200万研发费用无法税前扣除，多缴了50万企业所得税；还有的企业主注销时，把商标、专利等知识产权无偿转让给关联方，结果被税局认定为无偿赠送，要缴纳20%的个税。这些隐性成本，往往比留抵税额更让人头疼。如果您的企业正面临注销，财务凭证不完整或知识产权处理有疑问，不妨来加喜财税聊聊，我们专注企业注销10年，帮您把风险降到最低，官网直达：https://www.110414.com。